前言

免疫檢查點(diǎn)抑制劑(ICIs)正在深刻地改變?cè)S多癌癥的治療前景。一種T淋巴細(xì)胞相關(guān)抗原4(CTLA-4)抑制劑和6種程序性細(xì)胞死亡蛋白途徑抑制劑(PD-1/PD-L1)已獲得美國(guó)食品和藥物管理局(FDA)對(duì)多種惡性腫瘤的監(jiān)管批準(zhǔn)。盡管有些人可以獲得持久的完全緩解,但這些藥物作為單一療法的總有效率(RRs)依然很低(15%-20%)。

對(duì)ICIs反應(yīng)的差異性突出了識(shí)別預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物的必要性。免疫組織化學(xué)(IHC)檢測(cè)PD-L1表達(dá)是最直觀(guān)的預(yù)測(cè)生物標(biāo)志物之一。另一個(gè)最近引起廣泛關(guān)注的生物標(biāo)志物是腫瘤突變負(fù)荷(TMB),它是衡量腫瘤突變數(shù)量的指標(biāo);突變?cè)蕉?新抗原越多,其中一個(gè)或多個(gè)自身新抗原具有免疫原性并觸發(fā)T細(xì)胞反應(yīng)的幾率就越高。許多研究報(bào)告了較高的TMB和ICI療效之間的聯(lián)系,表明TMB可能是一個(gè)良好的預(yù)測(cè)性生物標(biāo)記物。

TMB的定義及測(cè)定

TMB的概念定義是腫瘤標(biāo)本中出現(xiàn)的突變總數(shù)。根據(jù)不同的方法,針對(duì)TMB考慮的基因改變類(lèi)型的實(shí)際定義有所不同。TMB的特征最初是通過(guò)全外顯子組測(cè)序(WES)來(lái)完成的,WES本質(zhì)上認(rèn)為遺傳改變僅限于外顯子(編碼區(qū)域)。WES的TMB計(jì)算包括編碼區(qū)的非同義突變,并通過(guò)減去匹配的正常樣本排除種系變化。

基金會(huì)醫(yī)學(xué)開(kāi)發(fā)的324個(gè)基因(相當(dāng)于1．1MB編碼基因組)的全面基因組分析檢測(cè)試驗(yàn)(FoundationOne),被證實(shí)是WES對(duì)TMB的準(zhǔn)確評(píng)估。最近, FDA批準(zhǔn)了該檢測(cè)方法,作為對(duì)于>10個(gè)突變/Mb的TMB患者使用pembrolizumab的輔助診斷。

FoundationOne分析還包括其TMB中的同義突變和內(nèi)含子區(qū)的插入缺失標(biāo)記(Indels),這些都不包括在WES中。Indels通常會(huì)產(chǎn)生新的DNA開(kāi)放閱讀框,從而產(chǎn)生一個(gè)全新的肽段,這些肽段可能有更高的機(jī)會(huì)編碼免疫原性新抗原。

另一個(gè)FDA批準(zhǔn)的NGS檢測(cè)試驗(yàn)是MSK-IMPACT,該試驗(yàn)?zāi)壳按_定了468個(gè)癌癥相關(guān)基因(約1．2MB)的體細(xì)胞外顯子突變。

TMB與腫瘤免疫應(yīng)答

免疫逃避是腫瘤的一個(gè)重要特征。T細(xì)胞通常識(shí)別由突變產(chǎn)生的新抗原,并由癌細(xì)胞表面的主要組織相容性復(fù)合物(MHC)蛋白呈現(xiàn)。為了生存,腫瘤劫持了通常作為檢查點(diǎn)的蛋白質(zhì)來(lái)削弱免疫系統(tǒng)對(duì)其的殺傷作用。

通過(guò)阻斷免疫檢查點(diǎn)蛋白,如PD-1、PD-L1和CTLA-4,免疫系統(tǒng)可以被重新喚醒。然而,一旦活化,T細(xì)胞必須仍然能夠?qū)⒛[瘤與正常細(xì)胞區(qū)分開(kāi)來(lái)。如果腫瘤細(xì)胞表面存在免疫原性新抗原,則有助于對(duì)腫瘤細(xì)胞的識(shí)別。由于新抗原是由突變產(chǎn)生的,突變的數(shù)量越多(即TMB越高),MHC蛋白所呈現(xiàn)的一些新抗原具有免疫原性的可能性就越大。在此基礎(chǔ)上,高水平的TMB與ICI治療后更好的結(jié)果相關(guān)也就不足為奇了。

然而,任何將TMB的預(yù)測(cè)能力二分法的嘗試都是不完美的,因?yàn)槔碚撋?T細(xì)胞識(shí)別的新抗原可以起源于低突變環(huán)境(盡管可能性較低);相反,大量突變并不一定轉(zhuǎn)化為免疫原性新抗原。

影響TMB作為抗癌免疫治療生物標(biāo)記物的環(huán)境和宿主因素

幾種不同的因素可能會(huì)導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞基因組的改變,其數(shù)量可以通過(guò)TMB進(jìn)行量化。環(huán)境因素(例如,紫外線(xiàn))和DNA編輯錯(cuò)誤(MSI)導(dǎo)致不同特征下的突變模式。每一個(gè)特征不僅可能影響突變的數(shù)量,還可能影響作為突變體負(fù)載的新抗原的質(zhì)量和免疫原性。

宿主的固有特性也會(huì)影響新抗原的呈現(xiàn)和識(shí)別。例如,MHC多樣性定義了新抗原的呈現(xiàn)程度,而TCR群集可以定義新抗原識(shí)別。表觀(guān)遺傳調(diào)控(如組蛋白修飾和DNA甲基化)也可能影響宿主產(chǎn)生有效免疫反應(yīng)的能力。

TMB作為生物標(biāo)記物的應(yīng)用與挑戰(zhàn)

TMB作為免疫治療早期患者預(yù)后標(biāo)志物的作用

臨床上,TMB與PD-1/PD-L1抑制劑的客觀(guān)反應(yīng)之間存在顯著相關(guān)性。在使用ICIs治療的151例晚期實(shí)體瘤患者中,TMB低水平患者的RRs為5%(<5個(gè)突變/Mb),TMB中間患者的RRs為25%(6-19個(gè)突變/Mb),TMB高水平患者的RRs為45%(>20-49個(gè)突變/Mb),以及TMB非常高的個(gè)體(>50突變/Mb)的RRs為65%。

將鱗狀細(xì)胞與其他組織學(xué)進(jìn)行比較也是相關(guān)的。鱗狀細(xì)胞腫瘤的TMB高于非鱗狀細(xì)胞癌,其中皮膚鱗狀細(xì)胞瘤的TMB最高,41%表現(xiàn)為非常高的TMB(>50突變/Mb)。在接受免疫治療的鱗狀細(xì)胞癌患者中,較高的TMB(>12突變/Mb)與顯著更好的預(yù)后相關(guān),皮膚鱗狀細(xì)胞癌的ICI臨床受益率最高。

低TMB并不排除對(duì)ICIs的反應(yīng)

即使在TMB較低的情況下,ICIs也可以有效,盡管患者的百分比很小(5%)。例如,卡波西肉瘤是一種病毒相關(guān)的惡性腫瘤,對(duì)ICI有反應(yīng)。事實(shí)上,接受抗PD-1單藥治療的9名患者中有6名(67%)獲得了完全或部分緩解;所有患者的TMB均較低,PD-L1陰性。

Merkel細(xì)胞癌是另一個(gè)有趣的例子,其中晚期患者的ICI 治療RRs約為56%。Merkel細(xì)胞癌可能與紫外線(xiàn)或默克爾細(xì)胞多瘤病毒感染相關(guān),而由紫外線(xiàn)引起的Merkel細(xì)胞癌呈高水平TMB,帶有Merkel細(xì)胞多瘤病毒的Merkel細(xì)胞腫瘤呈TMB低水平,但病毒抗原本身具有免疫原性。

TMB作為復(fù)合生物標(biāo)志物的一部分來(lái)預(yù)測(cè)ICI的預(yù)后

開(kāi)發(fā)精確的ICI反應(yīng)預(yù)測(cè)因子需要深入了解免疫反應(yīng)和耐藥的復(fù)雜性,并將多個(gè)變量整合到復(fù)合生物標(biāo)記物中,該生物標(biāo)記物可能包括TMB、PD-L1、PD-1的表達(dá)和其他檢查點(diǎn),并考慮其表達(dá)的細(xì)胞,腫瘤分子特征、新抗原免疫原性等多方面特征。這一整合的概念模型被稱(chēng)為“癌癥免疫圖”。

癌癥免疫圖的七個(gè)參數(shù)類(lèi)別之一是腫瘤外來(lái)性。雖然TMB在定義新抗原的質(zhì)量方面有其局限性,但它可以被視為外來(lái)性的一個(gè)代表。癌癥免疫圖的其他參數(shù)包括與免疫浸潤(rùn)和代謝相關(guān)的生物標(biāo)志物、抑制劑的缺乏、檢查點(diǎn)狀態(tài)以及腫瘤對(duì)免疫效應(yīng)劑的敏感性。這個(gè)模型的一個(gè)關(guān)鍵方面是設(shè)定腫瘤免疫系統(tǒng)為動(dòng)態(tài)的,是隨著疾病的發(fā)展而變化的。因此,在這個(gè)復(fù)合系統(tǒng)中,生物標(biāo)志物可以隨著疾病的發(fā)展而增加或移除。

小結(jié)

多方面的證據(jù)表明,較高的TMB與ICI治療后更好的結(jié)果相關(guān)。盡管FDA最近批準(zhǔn)了抗PD-1抗體pembrolizumab在TMB >10突變/Mb的實(shí)體瘤中的應(yīng)用,并且正在開(kāi)發(fā)評(píng)估TMB的血液測(cè)試,但作為臨床生物標(biāo)記物,TMB的進(jìn)一步開(kāi)發(fā)仍面臨許多挑戰(zhàn)。

例如,TMB對(duì)免疫療法與靶向藥物或化療聯(lián)合應(yīng)用的預(yù)測(cè)價(jià)值尚未確定。此外,認(rèn)識(shí)到低TMB患者中有一小部分(5%)對(duì)ICIs反應(yīng)良好,而超過(guò)50%的高水平TMB患者無(wú)反應(yīng),這一點(diǎn)至關(guān)重要。這反映了免疫系統(tǒng)的復(fù)雜性,需要將多個(gè)其他變量納入一個(gè)復(fù)合生物標(biāo)記物中,以便更準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)ICI結(jié)果,并充分發(fā)揮免疫治療的潛在益處。

參考文獻(xiàn):

1．The Challenges of Tumor Mutational Burden as an Immunotherapy Biomarker． Cancer Cell

． 2020 Oct 14;S1535-6108(20)30495-5．