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50倍序列數(shù)據(jù)分析速度提升，NVIDIA為COVID-19研究人員免費(fèi)提供Parabricks

2020-03-27 15:31

動(dòng)脈網(wǎng)

關(guān)注

當(dāng)危機(jī)襲來時(shí)，每個(gè)人都需全力以赴地應(yīng)對危機(jī)。為應(yīng)對此次新型冠狀病毒疫情，NVIDIA為研究人員們提供了相關(guān)工具，使他們能夠更快地了解COVID－19，并有助于研究應(yīng)對措施。

自今日起，NVIDIA將向全球所有新型冠狀病毒研究人員免費(fèi)提供90天的Parabricks使用權(quán)。Parabricks基于著名的Genome Analysis Toolkit，可通過GPU將序列數(shù)據(jù)分析速度提高50倍。

此次疫情正在不斷變化，因此，NVIDIA將密切關(guān)注疫情并根據(jù)需要提供更多的支持。

使用Oxford Nanopore long－read數(shù)據(jù)的研究人員可在GitHub上找到GPU加速工具存儲庫。此外，以下應(yīng)用已內(nèi)置NVIDIA GPU加速功能：Medaka、Racon、Raven、Reticulatus和Unicycler。

目前，研究人員正在對新型冠狀病毒和COVID－19感染者的基因組進(jìn)行測序，以了解疾病的傳播方式并確定易感染人群。但分析基因組序列需要耗費(fèi)大量的時(shí)間和計(jì)算力。

長期以來，加速科學(xué)研究始終都是NVIDIA的核心使命之一。 Parabricks團(tuán)隊(duì)于去年12月加入NVIDIA，為此項(xiàng)工作提供了最新的工具。它可以在一臺服務(wù)器上快速分析一個(gè)人的全部基因組變異，將分析時(shí)間從幾天縮短至一個(gè)小時(shí)以內(nèi)。

鑒于此次疫情史無前例的傳播速度，將獲得結(jié)果的時(shí)間從數(shù)天縮短至數(shù)小時(shí)能夠?qū)α私獠《具M(jìn)化和疫苗開發(fā)產(chǎn)生巨大的推動(dòng)作用。

NVIDIA正在邀請它的合作伙伴與其一同開展這項(xiàng)迫在眉睫的工作，為研究人員提供幫助，并在與云服務(wù)供應(yīng)商和超級計(jì)算中心討論在他們的平臺上提供計(jì)算資源和Parabricks訪問。

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